これだけ大事な炎症、免疫反応なのに悪く言われることがあるのは何故でしょうか。
これを考えるにも治安機関との対比が分かりやすいです。
治安機関が暴走を始めるとどうなるでしょうか。
下の写真は、ある国の現状を伝えるネットニュースから転記したものです。

町中に治安機関が溢れ、無辜の国民を連行し、挙句の果ては軍隊までもが国民に銃を向けています。こうなれば国の機能は成り立たなくなります。
それでは炎症・免疫反応が暴走を始めるとどうなるでしょうか。
炎症・免疫反応の暴走に相当するものがアレルギー、自己免疫疾患ということになります。

アレルギー

外部からの特定の抗原に対する過剰免疫反応
特定の国から来た、あるいは、特定の宗教を持った人に対する偏見誤解と考えれば理解しやすいです。

花粉症：スギ、ヒノキなどの花粉に対する過剰免疫反応
抗原侵入経路：鼻が中心

食物アレルギー：特定の食物中の成分に対する過剰免疫反応
抗原侵入経路：口が中心

接触アレルギー（接触性皮膚炎）：特定の物質に対する過剰免疫反応
抗原侵入経路：皮膚が中心

特殊なアレルギー
　アトピー
　・IgE抗体を産生しやすい体質
　・家族歴がある

自己免疫疾患

膠原病（Collagen Disease）、リウマチ性疾患と呼ばれることもあります。
身体の内部にもともと存在する特定の物質に対する過剰免疫反応
本来守るべき国民に対して攻撃を行っている状態と考えれば理解しやすいです。

自己免疫疾患の例
関節リウマチ：関節を構成する滑膜に対する過剰免疫反応

関節内に存在する滑膜に対して免疫反応が起こり、組織が異常増殖することによって関節内に慢性の炎症を生じる疾患です。進行すると関節が破壊され様々な程度の機能障害を引き起こします。

自己免疫疾患の特徴
両側性、左右対称に起こります。
膝が痛い　指が腫れてきた場合に関節リウマチを心配される方が多くいますが、片側性であればリウマチ以外の原因、疾患と考えて良いでしょう。